基于InDel標記的黃瓜種質資源遺傳多樣性分析


        | 摘要 | 為明確黃瓜自交系間的親緣關系,篩選適宜作雜交親本的種質資源,利用InDel標記對48份黃瓜自交系進行遺傳多樣性分析。


        結果表明,68InDel標記中39對標記具有強多態性,在48份材料共檢測出79個等位基因,平均每對標記檢測到2.0256個等位基因,遺傳距離在0-0.9551的范圍,相似性系數在0.44-1,平均相似性系數為0.72,說明48份材料總體親緣關系較近,遺傳多樣性不夠豐富。


        NTSYS2.1軟件聚類的結果表明,在相似性系數為0.44時,48份材料被劃分為2大類群,主要為密刺黃瓜和水果黃瓜,用Power Marker 3.25軟件進行樹狀圖分析,結果與NTYSYS聚類結果一致。研究結果為了解黃瓜種質資源遺傳背景及親本組合的選配奠定基礎。



1. 標記InDel25048份黃瓜種質資源的電泳圖


        從本實驗室前期開發出的10470InDel標記中初步選擇68InDel標記對48份黃瓜自交系進行分析,結果表明39InDel標記具有強多態性。圖1為標記InDel25048份黃瓜種質材料擴增出兩個等位基因的電泳圖。


2. 48份黃瓜資源聚類分析


采用NTSYS 2.1軟件中的UPGMA48份黃瓜種質資源進行聚類分析作圖,結果見圖2.在相似系數為0.44時,將黃瓜種質劃分為2個類群,第1類群包括D1D2D3D12D531份材料,且大部分密刺黃瓜被聚為此類;第2類群包括X1X3X7X4X1117份材料,且該類群76.5%為水果黃瓜;白綠黑刺黃瓜、白綠稀刺黃瓜全部在第1大類群,2份白綠無刺黃瓜在第2大類群。


  為了驗證NTYSYS軟件的分析結果,用Power Marker3.25軟件進行了聚類分析,發現48份黃瓜自交系也是被聚為2大類群(圖3),且聚類結果與上述NTSYS軟件分析結果完全一致。


3. 48份黃瓜資源聚類樹狀圖